耐水腻子比较难打磨，主要是因为其材料的组成所导致，其中胶液含量的增加，正是耐水腻子特性体现的重要因素，其批刮出来的成品腻子层密实度比一般腻子要高2倍以上，没有一般腻子层松软，因此打磨时也必然不如普通腻子好打磨。

另外，在夏季打磨时有些工人会反应腻子与皮肤接触后有瘙痒症状，这是耐水腻子正在解决的行业难题。因为耐水腻子内含有偏碱性成分，在夏季工人工作时，皮肤与腻子保护措施相对其他季节较少，又因自身汗液挥发，接触到此类物质便会有个别发痒现象出现，出现这种现象要及时用清水冲洗干净（此物质只对过敏性皮肤有反应），而对产品质量以及环保上没有任何影响，因此建议施工时尽可能加强保护措施，如口罩、眼罩、袖套等将直接接触到粉尘的皮肤保护起来，避免有其他伤害。
 

注：耐水腻子与普通腻子固化原理有区别，耐水腻子有结晶固化成份，固化后结构稳定，不再吸收水份，持久坚固；普通腻子大部分是脱水固化，粘合力不强，不耐水，且日后遇潮气水份，会吸水软化，出现粉化掉皮现象。同样因为腻子层的耐水性和物理性能稳定性，乳胶漆不与耐水腻子相溶，能在耐水腻子表面形成封闭层，封闭墙体有害物挥发；而普通腻子不耐水与乳胶漆相溶，乳胶漆施工时与腻子层相互渗透，无法有效封闭墙体，出现翻底现象就是其例证。